院系设有8个教研室：人体解剖学教研室、组织胚胎学教研室、病理学教研室、病理生理学教研室、病原生物学与免疫学教研室、生物化学教研室、生理学教研室、法医学教研室。1个国家级基础医学实验教学示范中心；基础医学国家级实验教学示范中心，下设3个省级实验教学示范分中心，包括医员工物实验学分中心、人体机能实验学分中心、医学形态实验学分中心。2个省级重点实验室（江苏省脑病生物信息重点实验室、免疫代谢重点实验室）、1个省级工程研究中心（江苏省医学基因检测工程研究中心）、4个徐州市重点实验室（神经生物学实验室、生理功能与损伤实验室、临床与实验病理学实验室、感染与免疫实验室）和1个科研实验中心（生物化学与分子生物学研究中心）。